После назначения в ноября 1999 года С.Саркисяна руководителем Администрации президента стал советником по внешней политике.
    15 декабре 1999 по инициативе главного военного прокурора Армении Гагика Джахангиряна по подозрению в причастности к заговору Н.Унаняна был арестован.
    Был другом юности Н.Унаняна и именно через него президент вел с террористами переговоры об освобождении заложников и о сдаче.
    2 марта 2000 года Алексан Арутюнян объявил голодовку в знак протеста против своего задержания и отказа Гагика Джаангиряна передать дело в гражданскую прокуратуру.
    15 апреля 2000 года ...